利用大规模分子标记数据构建高质量遗传连锁图谱、进而结合表型鉴定数据定位控制各种表型性状的基因是遗传研究的重要内容。这些研究工作，需要借助专门的计算机软件才能完成。为充分利用各类遗传群体、方便而有效地开展遗传分析和遗传研究，在过去10年时间里，作物数量遗传课题组共研制了三个遗传连锁图谱构建和数量性状基因定位集成软件，分别命名为QTL IciMapping、GACD和GAPL。这些软件均是免费使用，它们的下载网址为http://www.isbreeding.net/。三个软件的功能和特点介绍如下。

　　QTL IciMapping(QTLInclusive CompositeInterval Mapping) 适宜于纯系双亲群体衍生的各类后代群体，包括F1自交/重复自交产生的F2、F3和RIL，回交一代和回交二代群体、以及它们的自交后代，F1和回交的DH家系等。QTL IciMapping软件4.1版于2016年1月发布，具有九大功能：1、多环境表型数据方差分析的AOV功能；2、删除冗余标记的BIN功能；3、构建连锁图谱的MAP功能；4、整合连锁图谱的CMP功能；5、奇异分离位点定位的SDL功能；6、双亲衍生群体QTL作图的BIP功能；7、多环境表型鉴定数据QTL分析的MET功能；8、染色体片段置换系QTL作图的CSL功能；9、巢式关联分析群体QTL作图的NAM功能。另外还提供两个附加工具：1、绘制已构建遗传连锁图谱的MapShow工具；2、两点重组率估计的2pointREC工具。

　　无性系是植物的一种重要繁殖方式，无性系遗传研究群体一般由两个高度杂合的无性系亲本之间的杂种F1构成。在自花和异花授粉植物中，有时也利用四个纯系的双交群体开展遗传和育种研究。无性系F1中的未知连锁相和双交中的复等位基因均增加了遗传分析的复杂性。为此，我们研制了GACD(Genetic Analysis of Clonal F1 and Double Cross)软件，适宜于两个高度杂合无性系亲本之间的杂种F1群体，以及四个纯系的双交F1群体的遗传分析。GACD软件1.1版于2016年1月发布，具有三大功能：1、去冗余标记的BIN功能；2、连锁图谱构建的CDM功能；3、基因定位的CDQ功能。

　　多亲杂交衍生的群体近年来在植物遗传和育种研究中的重要性日益突出。集成软件GAPL(Genetic Analysis Software of Pure-Line Populations)适宜于四个至八个纯系衍生的纯系DH和RIL群体。GAPL软件1.0版于2017年5月发布，具有三大功能：1、去冗余标记的BIN功能；2、连锁图谱构建的PLM功能；3、基因定位的PLQ功能。

　　这些软件是国际上首例能够同时进行图谱构建和基因定位的遗传分析工具。它们采用了最新的编程技术，把不同功能包装在一个工程中，用户可以随时查看已经完成的各项操作，浏览已完成操作产生的各种结果，把某些功能的输出文件作为另外一些功能的输入文件。软件界面友好、功能强大，可以满足大多数自花授粉、异花授粉和无性系物种遗传研究群体的表型数据分析、基因型数据分析、以及基因定位研究。