作科所牵头的泛基因组研究成果入选《自然》杂志近20年基因测序里程碑事件
近日，在第一版人类基因组序列图谱发布20周年之际，《自然》杂志在线发布了20年来测序技术的发展历程和17个重要里程碑事件，中国农业科学院作物科学研究所邱丽娟研究团队于2014年9月14日发表在《Nature Biotechnology》上的“一年生野生大豆的泛基因组构建”相关研究入选。该研究在国际上率先构建和分析了第一个植物泛基因组，开启了动植物泛基因组研究历程。文章截止目前引用次数已高达364次（引用数字来自谷歌学术），为后续动植物领域泛基因组的研究发展，提供了方法和启示，具有里程碑意义。
此次发布的里程碑事件包括宏基因组、下一代测序技术、单细胞测序、泛基因组等。这些研究通过研究方法、计算方式等方面的进步，推动基因组测序不断发展至今，也为基因组测序技术所应用的研究领域带来了新的变革。
邱丽娟团队长期从事大豆种质资源收集、保存、鉴定和创新利用研究，在国际上率先构建了代表性强、遗传多样性丰富的系列核心种质，已在大豆种质资源研发广泛应用。该研究在前期核心种质遗传结构和多样性深入分析的基础上，选择7份有代表性的野生大豆进行从头测序和独立组装，构建野生大豆泛基因组；通过基因集比较分析，占48.6%的核心基因反应了野生大豆的生物学特点；51.4%的非核心基因，在生物和非生物逆境相关途径上富集，反应了野生大豆的广泛适应性；率先在全基因组水平上全面解析了野生和栽培大豆种间遗传变异。该成果是首例重要作物泛基因组，为研究大豆的遗传多样性及进化历程提供了新的启示，奠定了解析重要驯化性状建成、发掘优异基因/标记的基础；同时为大豆种质资源的保护、开发、利用和拓宽大豆育成品种遗传基础、推进大豆新品种培育进程提供遗传资源。随着野生大豆泛基因组的报道，泛基因组研究方法逐渐迎来了黄金发展期。截止目前，已经为水稻（Zhao et al., Nature genetics,2018）、大豆（Liu Y et al., Cell, 2020）、甘蓝型油菜（Song et al., Nature Plants,2020）、芝麻（Jingyin et al., Plant Biotechnology Journal, 2019）、向日葵（Sariel et al., Nature plants,2019）、苜蓿（Zhou et al., BMC genomics ,2017）和番茄（Gao et al., Nature genetics, 2019）等十多种植物泛基因组的构建提供了借鉴。
https://www.nature.com/immersive/d42859-020-00099-0/index.html
